ここで言うオリジナルのシステムとは、自分が要望する機能を一から作成するシステムの事を指します。
当然自分の要望通りにシステムを構築するので満足度は高いものとなるでしょう。
また商品の選択方式が複雑になるような特殊な商品を扱う場合、オリジナルにシステムを構築する事になるでしょう。
勿論一から作成する事になるので費用・時間共にASPなどに比べてかかる事になります。長期的・本格的にショッピングサイトの運営をお考えの方（特に企業様）に向いていると言えるでしょう。